药物流产不干净，可以根据残留物的多少选择药物或者是手术清宫的方式，排除宫腔内的残留物。患者自己感觉到流产不干净、有分泌物流出，这种情况需要先到医院做超声检查，明确诊断。如果确实有残留物，在残留物不多的情况下，可以服用产后逐瘀颗粒等药物进行治疗。