附件囊肿的治疗方法包括保守治疗和手术治疗，具体采取何种方式治疗，取决于囊肿的大小、性质、患者的临床症状。患者月经不正常并且经常腹痛，检查出来附件囊肿，不排除患者患子宫内膜异位症的可能。如果囊肿比较小，可以保守治疗；囊肿较大的话建议手术。