不同卵巢囊肿形成的原因有所不同，如果是生理性的卵巢黄体囊肿，通常是由于排卵以后，黄体没有完全消失而形成的囊肿，一般会在月经干净以后自然消失不见，同时卵巢输卵管炎症也会刺激导致形成炎性囊肿。如果是由于巧克力囊肿，通常是由于子宫内膜异位到卵巢上而形成的。