长效避孕药的副作用主要包括：1、在服用药物的中间有可能发生突破性的出血现象。2、部分患者服药后容易出现恶心呕吐，食欲不振等胃肠道反应。3、长时间服用长效避孕药避孕，有可能影响到肝功能以及血脂、血糖代谢，还有可能引起血压升高。