巧克力囊肿一般都不能彻底消失，自然也没有自动消失的可能。巧克力囊肿，是子宫内膜移位到卵巢、或者盆腔内其他组织器官中引起的一种继发性病变，在来月经的时候会出现出血的现象，导致巧克力囊肿逐渐增大。巧克力囊肿长到一定体积大小的时候，有可能发生破裂而消失，但是会引起剧烈的腹痛症状，而且也容易再次发生。