怀孕40天的时候，如果是妊娠囊直径在1.0厘米左右，90%以上是能够流干净的，极少数的情况下如果是女性服药后导致了呕吐或者是女性的子宫过度前倾或者后屈不能够及时的将妊娠物通过宫颈排出来，就可能会导致流不干净或者流不出来的，需要及时的给予清宫处理。用药物流产药后，也需要及时的去医院做B超复查。