怀孕期间大排畸检查和小排畸检查的区别主要包括：1、大排畸是在怀孕20周到28周之间进行，小排畸是在怀孕30周到32周之间进行。2、大排畸是全面地观察胎儿各个系统是否有发育异常。小排畸是在大排畸的基础上进一步评估胎儿的发育情况。3、大排畸是通过四维或者三维彩超进行检查，小排畸是通过普通彩超检查。