系膜囊肿是否影响怀孕，需要根据囊肿的大小决定的。系膜囊肿一般是输卵管感染之后引起的，如果囊肿特别小并不会对自然的怀孕造成影响的。所以根据身体的情况来安排检查和治疗，如果长时间不能自然怀孕，也可以考虑先安排手术等治疗之后再受孕会更加的安全。平时应该注意观察经期和排卵是否正常。