怀孕三个月肚子隐隐作痛可能是不规律宫缩所引起的，可以卧床休息，但是要随时观察情况。如果隐隐作痛同时阴道还有少量的出血现象，要注意可能是先兆流产所引起的，最好及时到医院做相关检查，及时配合医生治疗。因为怀孕前三个月属于危险期，首先禁止性生活，同时避免剧烈活动，定期做产检。