怀孕三个月流血了有可能是孕早期胚胎的发育不良或者休息不好等引起了先兆流产。如果出血伴随腹痛不适的现象，最好是及时到医院做检查，判断具体的原因。如果胚胎存活的情况下，适当的吃保胎的药物，一般过几天出血会逐渐的干净。这段时间内不要疲劳或者盲目的安排性生活，注意卫生。