怀孕两个月的时候咳嗽的症状厉害，应当及时到医院的呼吸内科就诊，检查清楚引起这种咳嗽症状的具体原因后进行治疗。如果患者是因为呼吸道过敏反应引起的咳嗽症状，可以在医生的指导下使用适当的药物抗过敏治疗；如果是因为支原体感染引起的咳嗽症状，可以使用阿奇霉素等药物抗感染治疗，具体治疗措施谨遵医嘱。