女性患有单侧巧囊是可以怀孕的。女性患有单侧巧囊，也就是子宫内膜异位症的情况发生，如果是巧囊比较小，没有影响卵巢的功能并且另一侧卵巢是正常的，能够使卵子发育成熟也会导致怀孕的。因此女性这时候一般可以在排卵期的时候发生性生活，有利于提高怀孕率，当女性在怀孕后，单侧巧囊的情况也会得到缓解。