怀孕期间感染了疱疹生下的宝宝有可能是畸形的，因为这个感染是比较危险的，因为这个属于病毒感染，有可能会影响到胎儿的健康发育，甚至会导致流产的风险上升的。最好是到医院的皮肤科进行全面的检查后，开始做抗病毒治疗，注意用药的安全性，尽量不要影响到宝宝的健康。以后可以通过全面的排畸检查确诊孩子的发育是否有问题。