怀孕三个月小肚子疼可能是因为频繁性的走动，或者是经常性的站立，导致了子宫下垂或者是宫缩原因引起症状，如果还伴随着阴道少量出血情况，就需要及时得到妇产科，采取腹部彩超检测以及血常规检查，如有流产迹象，需要配合保胎药物进行治疗。同时恢复期尽量选择卧床休息，有利于病情好转。