怀孕五十天自然流产肚子是有可能会感觉疼痛的，因为流产是会出现宫缩，这样才能把孕囊排出体外，在发生宫缩时候会使患者感觉到不适的，待胚胎排出体外之后，疼痛感就会有所缓解，建议患者在流产之后要及时去医院看一下，检查看是否把胚胎组织完全排出来，如果仍然有残留的话，那么可能要清宫手术。