怀孕41天B超看不到妊娠囊，这种情况也是正常的，尤其是做腹部彩超。由于停经时间比较短，孕囊发育还比较小，如果膀胱充盈度不是很好，看不到妊娠囊也是正常情况，建议可以间隔一周重新复查。一般在停经7周左右会看到妊娠囊，以及原始心管搏动和卵黄囊，如果超过10周还看不到孕囊，考虑是异常情况。