巧克力囊肿手术后最佳怀孕时间，一般是在术后半年左右是最好的。因为在做巧囊手术后，为了防止复发在术后给予药物使月经暂时停止，让卵巢也有一定的修复时间，在身体恢复健康后最好是尽早的怀孕，怀孕后体内激素水平变化，在妊娠期巧囊是不会复发的，但是女性在分娩后巧囊是会再复发。