孕期检查发现胎儿的颅脑内有囊肿，是比较严重的情况的。所以最好按照医生的建议需要做进一步的相关检查，通过检查确定囊肿的具体的情况，如果是一般良性的囊肿瘤是可以继续妊娠的，出生后可以采取相应的治疗措施。但是有的囊肿体积比较大，也有的可能是恶性的，这种情况下最好及时采取终止妊娠手术。