念珠菌和滴虫的区别是治疗方法不同，病原菌不同。念珠菌和滴虫是两种不同的致病微生物，念珠菌感染的阴道炎被称作为细菌性的阴道，可以通过口服抗菌的药物来进行治疗，滴虫感染的又被称作为滴虫性的阴道炎，需要服用敏感抗菌和杀虫的药物来进行改善。在治疗期间要注意私密处的卫生，减少交叉感染的几率。