怀孕40多天，出现有褐色分泌物是不正常的，引起的原因可能是女性发生先兆流产或者是胚胎停育，宫颈炎症等原因有关系。因此最好及时的去医院抽血查hcg，孕酮做妇科B超进性检查，有利于明确宫腔内胚胎的发育情况，以便及时的给予对症处理，才有利于女性的健康。