先天性多囊肾如何处理，取决于患者肾功能的表现。同样，也取决于残存肾组织的多少。如果有先天性多囊症，但是正常的肾组织仍然比较多，肾脏的功能在正常状态，一般不需要进行特殊的治疗。如果先天性的多囊肾，将大部分的肾组织破坏，肾功能发生了异常，就要开始进行治疗，治疗的措施谨遵医嘱。