生化妊娠的根本原因，主要是由于受精卵的质量有问题，导致怀孕初期受精卵不能成功着床和发育。另外，也有可能是子宫本身患有病变，不适合受精卵的着床和发育；或者是在受精卵着床发育的初期感染了病原体、服用了胚胎毒性药物而导致的。不过，生化妊娠一般都发生在怀孕35天左右，不超过50天。怀孕三个月的时候，不可能出现生化妊娠。