怀孕12周的时候有褐色分泌物，这是不正常的表现。褐色的分泌物，是分泌物中混有陈旧性出血的表现。对于怀孕的女性来说，出现这种症状，一般都提示可能存在先兆流产的表现，或者是存在胎儿发育异常、胚胎停育的可能。应当及时到医院进行超声检查，进一步评估、明确诊断。根据检查结果，进行适当的处理。