甲状腺有囊肿是不会影响怀孕的。但是女性尽量在治疗完甲状腺有囊肿之后才来怀孕。因为女性在患有甲状腺囊肿的时候，身体素质非常的差，总是会患上其余的各种疾病，如果在这时候怀孕可能就没有办法，保证身体健康。而且女性在怀孕期间服用药物会导致胎儿畸形。