长期吃酵素酶的害处是很多的。比如，会因为腹泻的症状而导致电解质的流失，容易出现电解质紊乱，使身体乏困无力。容易因为腹泻的症状而影响正常营养素的吸收和利用，使患者发生营养不良性的各种疾病。容易因为对酵素酶的依赖，而引起比较严重的便秘。容易因为营养不良而影响月经。