怀孕40天了，可以做药物流产的。在做药物流产之前，先要去医院做一系列的检查，比如要化验白带常规，要做B超检查，要测量体温等。如果有阴道炎症或者是急性盆腔炎症、发热等，就需要先治疗，然后才能做药物流产。而且做B超检查的时候，在宫腔内看到孕囊，才能够做药物流产。做药物流产，一定要在医院里进行。