怀孕期间做小排畸检查的时间是在怀孕30~32周之间。小排畸检查是在大排畸检查的基础上进行的进一步的检查，通过做小排畸检查可以对胎儿的各个系统发育情况进行进一步的评估，并且也可以对胎儿的体格发育指标进行测量。不过，小排畸检查的准确性没有大排畸好。