怀孕39天阴道B超看不到孕囊是不正常的。如果通过做B超的检查看不到孕囊，就可能是由于患者出现了宫外孕的情况导致的，可能还会伴随有阴道流血的症状出现，这个时候要及时的到医院去做一个检查，一旦确诊为宫外孕的时候，要及时的终止妊娠。