多数是由于染色体异常所致，包括染色体的结构和数目异常。另外，母亲因素、父亲因素和环境因素，也会导致胚胎或者胎儿停止发育。母亲因素包括母亲患有全身感染性疾病，比如高热疾病，严重贫血或者心力衰竭。母亲生殖器异常，包括子宫畸形、子宫肌瘤或者宫腔粘连等。母亲内分泌异常或者不良的生活习惯，也可能会导致胚胎停止发育。