怀孕后40天孕囊大小在0.8cm是正常的。如果产检显示孕囊比较小，可能是受孕比较晚导致的。如果怀孕前的月经周期不规律，或者排卵的时间推迟，就会导致孕囊比实际的停经时间偏小，先不要担心，可以再过几天及时到医院做全面的复查。如果能够有正常的胎心和胎芽发育，说明胚胎是存活的，可以继续妊娠。