怀孕后6周是可以做药物流产的，建议可以先到医院做检查，看一下孕囊的大小，然后决定用药的时间即可。药物流产的安全性是比较高的，但是用药之后需要观察身体的变化，一般用药大概3天就会出现腹痛和阴道出血的情况，出血持续大概5到7天，等出血干净之后建议预约彩超检查，判断是否流产干净。