怀孕后43天有孕囊没有胎芽有可能是受孕比较晚或者胚胎发育不良导致的。先不要盲目的进行猜测，可以先休息观察几天，或者到医院做抽血检查，看一下孕酮的水平是否正常，避免在孕早期出现停育的风险。过几天再次到医院做全面的复查，如果胎儿发育不良可以尽快安排流产手术，预防宫腔内的感染。