怀孕46天的时候同房了，这种情况如何处理取决于同房后的一些反应。如果同房后没有明显的不适症状，腹部没有疼痛感，阴道内也没有出血的现象，就不需要进行任何处理。如果同房后引起了腹痛或者出血的症状，就必须卧床休息，并且给予适当的药物保胎治疗。