孕早期同房后有褐色分泌物的原因是：1.可能是出现了先兆流产的迹象而导致的。2.还有可能是患上了阴道炎所引起的。一般情况下在孕早期是不可以同房的，因为在怀孕早期的时候，胚胎还没有完全稳定下来，同房很有可能会导致胎儿出现流产，所以要节制房事。