怀孕42天的时候可以做药物流产手术。需要去医院先做彩超检查，只有孕囊进入宫腔以后，才可以做药物流产手术，只要不超过49天就是最佳时间。这个时间是从末次月经第一天计算的。药物流产手术以后，建议十天左右需要去医院彩超复查，一旦发现流产不全，需要及时清宫处理，避免长时间出血导致宫腔感染。