怀孕45天孕囊大小一般在15毫米左右，如果出现孕囊偏小也是正常的情况，多是因为女性由于月经推迟，排卵期错后或者是停经天数比较小而导致孕囊偏小只要能够看到胎囊感觉到胎心，胎囊是继续成长发育的情况下则不需要担心。建议在怀孕期间定时到医院进行产检来确保胎儿健康。