怀孕了但是有褐色的分泌物，要检查清楚引起这种症状的原因后进行处理。怀孕的女性出现褐色的分泌物，一般都与激素水平不足，胚胎发育异常，子宫内膜炎等各种原因有关。孕激素水平不足引起的，需要补充孕激素；子宫内膜发炎引起的，需要遵医嘱进行抗感染治疗；胚胎发育异常引起的，需要根据具体情况决定如何处理。