自然流产是否能流干净，首先要看流产后的出血情况，流产后如果流血量逐渐减少或停止，说明还是很干净的，如果发生持续流血，还是需要到医院做个B超检查，如果发现子宫内还有残留物，不及时进行清宫的话，对以后的身体还是有很大副作用的。