怀孕40多天的时候同房，有可能引起流产的症状，也有可能完全没有影响，具体情况不能提前预测。因为怀孕40多天的时候，胎儿胚胎在宫腔内是不稳定的，容易因为性生活的刺激而出现流产的症状，原则上来说在怀孕三个月之内都不能同房。在已经同房的情况下，如果没有出现腹痛和出血的症状，一般就没有大的问题。