多囊跑步三个月后怀孕是正常的，有多囊的女性适当的进行有氧运动，比如跑步打球等，都是对病情的恢复有帮助的。因为在运动的过程中有助于体内的激素水平变的平衡，等内分泌失调得到控制之后，女性的排卵功能会逐渐的恢复，从而自然怀孕的可能会逐渐的提高。在怀孕之后需要按时的到医院进行检查。