引起阴茎疼痛的原因非常多，如果有阴茎的急性钝性疼痛伴有急性排尿困难，则一般见于尿道结石。如果有排尿时阴茎尿道口刺痛，伴有尿道外口排脓性分泌物，一般见于淋菌性尿道炎。而如果排黏液性分泌物，则一般见于非淋菌性尿道炎。如果仅仅为龟头疼痛而阴茎体不痛，则一般见于急性表浅性龟头炎、生殖器疱疹等疾病。如果阴茎体疼痛伴有阴茎勃起功能障碍、或阴茎为痛性勃起，则一般见于阴茎硬结症。