黄连素具有广普的抑制细菌的作用，但是临床中主要用于治疗胃肠道的细菌感染。对于前列腺炎的治疗上，临床中多用头孢类、喹诺酮类相关抗生素抗感染治疗（过敏者禁用使用）。另外可以根据患者的病情，服用相关的中成药物治疗，且可以同时采取前列腺按摩、热疗等物理疗法。也可以去中医科检查，辩证治疗。