男人阴茎根部疼痛考虑是出现了生殖器疱疹，有生殖器疱疹就会导致阴茎部位出现疼痛或者是瘙痒，如果是疱疹出现破溃就会引起疼痛感或者是溃疡。同时也考虑是男性出现了前列腺炎，这样就会让阴茎遭到神经刺激才会引起阴茎根部出现疼痛感，如果是单纯的受到刺激，可以通过休息的方法就能够让症状慢慢减轻。