六岁的男孩生殖器官小是正常的。孩子在6岁的时候，生殖器官是还没有开始发育的，等到孩子12岁之后进入到了青春期，男性的生殖器官才是会开始发育的，而且男孩子的生殖器官大小是由于遗传因素的原因导致的，如果没有出现异常的症状，都是正常的。