阴茎根部疼痛，这是典型的尿道炎的表现，建议应当及时到医院去做尿道分泌物的培养，一旦明确病因之后，可以通过口服抗生素和清热利湿，通淋利尿的中成药进行治疗，在日常的生活当中应当保持自己的生殖器清洁，勤更换内裤，如果表皮有一些红肿，可以涂抹红霉素软膏。如果情况严重建议到医院做进一步的检查确诊。