常见的原因有尿道炎和前列腺炎等疾病。因为生殖器的根部和前列腺相连，当前列腺腺体有炎症的时候，就会局部蔓延到生殖器根部，出现隐隐作痛，同时还会出现解小便分叉，解小便无力，下腹部疼痛不适等现象。尿道从生殖器内部通过，当生殖器根部一段尿道有炎症的时候，也会导致这个地方隐隐作痛。