一般是不可以自愈的，婴儿菌群失调通常可以给宝宝做好腹部保暖工作进行改善，也可以让妈妈多吃一些清淡易消化的食物进行缓解，比如挂面汤和小米粥的，如果症状得不到改善，也可以在专业医生的指导下服用益生菌进行调理，能够起到调理肠道菌群的作用。在日常生活中要给婴儿做好腹部保暖工作，尽量不要受风着凉。