阴茎根部会出现隐隐作痛的情况，多是因为疾病性因素导致的，比如说泌尿系统发生了感染，除此以外，前列腺炎，膀胱结石以及尿道结石也会导致此种情况的发生。建议最好及时去医院检查一下，若是存在结石，可采取合适的方式进行碎石。如果发生了泌尿系统感染，或者是前列腺炎，可在医生的指导下及时用药治疗。