药物流产血凝块与妊娠囊的区别在于，药物流产血凝块是肉眼观察到的鲜红色或暗红色肿块，质地较脆。用手握住后，血凝块很容易从一小块变成多个小块，不会漂浮在水中。妊娠囊是由绒毛组织组成的，所以在排出后，会看到乳白色的绒毛组织，漂浮在水中后。此外，药物流产时，血凝块可能会包裹妊娠囊，需要细心观察。