在发生巧克力囊肿的时候，一般是在卵巢的部位比较多见，并且两侧卵巢都会有，B超下可以看到卵巢实质回声不均匀。而发生黄体囊肿是一侧卵巢会有，B超下透声是均匀的，它会随着月经周期而改变，如果小的黄体囊肿在月经来临后就会消失，而巧克力囊肿是不能消失，并且会在月经期的时候导致有下腹疼痛，痛经的情况发生。